El motivo de otro partido homenaje es que la gente que vive en el interior y no tuvo la posibilidad de ir ese día a La Bombonera, impresion camisetas valencia pueda disfrutar de este nuevo evento. En ese torneo Clausura solo jugó los últimos 3 partidos. Precisamente en este torneo su equipo se consagraría campeón, por lo que Battaglia se convirtió en el jugador que más títulos ganó en Boca con 17, uno más que otro ídolo de Boca Juniors, Guillermo Barros Schelotto. El equipo se mantuvo durante toda la primera vuelta del campeonato en la parte baja de la clasificación, hasta que en el primer partido de la segunda vuelta, frente a la U. D. Almería, el entrenador José Luis Mendilibar fue destituido. En Villarreal al llegar a mitad de la temporada 2003-2004 le dieron la número 21. Y esa usó hasta su vuelta a Boca. El 2009 fue un año malo para Boca ya que no consiguió títulos.
En su tercer y último encuentro, Nadal conseguía una inservible victoria ante el noruego Ruud por 7-5 y 7-5, cerrando el año con una imagen muy preocupante en torno a su mal estado de forma. El club necesitaba una victoria en su último partido de la temporada para ganar el título de Primera División. Debutó en Boca con el número 34 durante el Clausura 1998. Para el torneo siguiente, Carlos Bianchi le dio la 22 que usó hasta el Clausura 2001. En la Copa Libertadores 2001 al no estar inscrito en la primera parte ya que venía de una lesión, ingresó en la lista por José María Calvo que tenía el número 24. La 22 en esa Copa la usó Gustavo Pinto. En el verano le embocó otro gol a River dándole la victoria al conjunto de la Ribera por 2-0. En el Torneo Clausura disputó 13 partidos, debido a algunas lesiones, y convirtió un gol a River para la victoria 1-0, siendo su segundo gol oficial en los Superclásicos. En la Recopa Sudamericana fue importante al meterle 1 gol a Once Caldas de Colombia para la victoria 3-1. En la vuelta perdió 2-1 pero igual consiguió su primer título en la vuelta al club.
«Primera victoria en Europa». El 7 de enero de 2013 y tras poco más de un año sin pisar una cancha, camiseta valencia azul le comunica lo que ya se preveía al técnico y al presidente del club: que se retira del fútbol profesional. En julio de 2021 reemplazo a Miguel Ángel Russo durante el aislamiento de gran parte del plantel profesional tras la derrota con Atlético Mineiro y dirigiendo así los partidos ante Banfield y San Lorenzo. El 17 de agosto de 2021 fue presentado como Director Técnico del equipo Xeneize tras el despido de Miguel Ángel Russo. El entrenador elegido por Roig para dirigir al equipo el resto de la temporada fue un técnico muy distinto: Jorge Valdano, que dirigió su primer partido en la 15.ª jornada. La equipación de visitante para la nueva temporada se traduce así en un sofisticado uniforme en el que el color negro aporta la sobriedad y la fuerza mientras que los detalles en dorado, como el escudo o el murciélago en la parte trasera del cuello, le añaden un toque de distinción y estilo.
Se esperaba un aumento del número de estudiantes después de la adaptación al sistema Bachelor/Master (grado/postgrado) en el semestre de invierno 2007/08 y así sucedió. A su regreso a Boca en el Torneo Apertura usó el mismo número que en Villarreal, el número 21. Sin embargo, para disputar la Recopa 2005 solo se permitía anotar a 20 jugadores. En el torneo Apertura jugó 15 partidos y consiguió ganar el torneo, al igual que la Copa Sudamericana donde jugó 4 partidos, siendo el capitán en la vuelta de la final. El objeto social de los estatutos denotan el momento en que se encontraba el Levante U.D.: al borde de la desaparición debido a su delicada situación económica. El primer partido lo empató 0 a 0 tras un excelente partido de la reserva de Boca, que había jugado al día anterior, versus un Banfield dominado y anulado completamente. El partido homenaje de Sebastián Battaglia se hizo el 8 de julio de 2015 en La Bombonera, que contó con la presencia de más de 40.000 espectadores. El equipo arrancó muy bien la temporada, siendo incluso líder en tres jornadas, pero todo cambió bruscamente a partir del desastre de Karlsruher el 3 de noviembre de 1993 cayendo por 7-0 tras haber ganado 3-1 en el partido de ida en casa.