Este es un juego de baloncesto cómodo, transpirable y liviano. La temporada 2013-14 comienza con un relevo en el banquillo: Pep Guardiola sucede a Jupp Heynckes con el reto de mantener el elevado listón que le dejó este. El «veterano» entrenador Jupp Heynckes -que llevó al Bayer Leverkusen al subcampeonato en la 1. Bundesliga 2010-11- sería otra vez el nuevo entrenador del Bayern para la temporada 2011-12, la cual sería su tercera etapa al frente del club. Las derrotas adicionales en la Copa de Alemania y en la Copa de la Liga dejaron al club sin trofeos. El equipo también conquistó la Copa de Alemania el 15 de mayo, consiguiendo así el doblete. Después del 1:1 en la ida, Gerd Müller sentenciaría al Madrid con un doblete para ganar 2:0, por lo que el club jugaría su tercera final de manera consecutiva. En la temporada de 1999-00 el Bayern ganó su tercer doblete.
Para la temporada de 2007-08, el Bayern hizo cambios drásticos de la escuadra para ayudar a reforjar y reconstruir al equipo. Ese resultado envió al equipo de Múnich a la final de la Liga de Campeones una década después. Véanse también: Bayern de Múnich sub-19 y Bayern de Múnich sub-17. Antes de comenzar la temporada 2005-06, el Bayern se mudó del estadio Olímpico de Múnich al nuevo Allianz Arena de su propiedad, el cual para entonces compartió con el club 1860 Múnich. De esta manera, el conjunto muniqués se clasificaba para jugar la final de la Liga de Campeones 2011-12 que se diputaba su estadio, el Allianz Arena ante el Chelsea. Sin embargo, pocos días después elimina al Real Madrid en una «agónica» tanda de penaltis -el resultado tras ambos encuentros fue de 2:1 favorable al conjunto que actuaba como local- en la que Philipp Lahm y Toni Kroos fallaron, mientras que Cristiano Ronaldo, Kaká y Sergio Ramos erraron por parte del club español. Ese inicio en la máxima divisional tuvo como primer partido el triunfo ante Peñarol en el recordado Superdomo. Ese año en cambio se perdió la final de la Copa de Europa contra el Aston Villa por 0:1. Por otra parte, entre 1966 y 1981 el Bayern colocó a varios de sus jugadores en el galardón del futbolista del año en Alemania hasta un total de once veces: Beckenbauer (4), Maier (3), Müller (2), Rummenigge y Breitner con uno.
Ese año también debutarían, aunque con poca participación, Alfredo Di Stéfano y Amadeo Carrizo. A días de cumplir el primer año de existencia, el Club Atlético Lanús contaba ya con 600 socios. Al año siguiente, las autoridades de la Federación Cordobesa recibieron una nota que informaba que la camiseta para la temporada que estaba por comenzar sería azul y blanca. Recién en 1933 formó un equipo para la 1.ª División y disputó su primer encuentro internacional ante Atenas de Montevideo, que perdió por dos puntos. Ya como campeón, el Bayern pierde por 1:0 ante el Augsburgo y pone fin a una racha de 53 partidos sin perder y 65 consecutivos marcando. El 16 de enero de 2013, se hizo oficial la contratación del español Pep Guardiola para la temporada 2013-14 como nuevo entrenador hasta 2016 -ya que Heynckes había anunciado su retiro al final de esa temporada-. A su vez, culminó tercero en la Liga Argentina y alcanzó una nueva final del Metropolitano de la División de Honor, pero no pudo quedarse con el título ya que fue superado por Boca. Argentina cuyo primer equipo de fútbol actualmente participa en la Primera C, cuarta división del fútbol argentino para los equipos directamente afiliados a la AFA.
Finalmente, el 1 de junio ganarían 3:2 al Stuttgart proclamándose así campeón de la Copa de Alemania 2012-13 y completando el primer triplete continental en la historia para un equipo de fútbol alemán. La temporada 2012-13 empezaba con buen pie, al vencer por 2:1 al Borussia Dortmund, en la Supercopa de Alemania. En cambio, el 30 de agosto, el Bayern ganó su primera Supercopa de Europa, derrotando al Chelsea en la tanda de penaltis, tras un 2:2 al final de la prórroga. El 9 de marzo, perdieron contra Fiorentina por 3:2, pero avanzaron hacia los cuartos de final por la regla del gol de visitante. En el choque de cuartos de final contra el Manchester United, el Bayern logró un resultado similar a sus encuentros contra Fiorentina, empatando 4:4 y progresando para las semifinales de la Liga de Campeones por la misma regla del gol de visitante. El Bayer Leverkusen eliminó al Bayern en los octavos de final de la Copa de Alemania, mientras que en la Liga de Campeones de la UEFA 2008-09 el Bayern llegó a los cuartos de final, siendo eliminados por el a la postre campeón, el Barcelona, después de ganar en el Grupo F y derrotar a Sporting de Lisboa en la primera ronda de la eliminatoria, logrando un resultado global récord en la Liga de Campeones de 12:1. El 27 de abril, dos días después de una derrota en casa contra el Schalke 04 que hizo caer al Bayern al tercer puesto en la tabla, Jürgen Klinsmann fue despedido.