Algunas personas piensan que las derrotas en postemporada frente a Chicago fueron el comienzo del fin de la estadía de Barkley en Filadelfia. En la 1997-98 la mano de Larry Brown se empezó a notar y el conjunto de Filadelfia alcanzó las 31 victorias. Al final de la temporada, las 56 victorias obtenidas por el equipo eran compartidas con Los Angeles Lakers como la segunda mayor cantidad de la liga detrás de las 58 de San Antonio Spurs, sin embargo, los Lakers se clasificaron por encima de ellos. La contratación de jugadores poco productivos como Scott Williams y Charles Shackleford, jugadores al final de sus carreras como LaSalle Thompson, Orlando Woolridge, y Scott Skiles junto con unos decepcionantes novatos elegidos en las primeras rondas del draft como Shawn Bradley y Sharone Wright fueron factores importantes en la mala situación del equipo. El 26 de abril de 2016, los Washington Wizards contrataron a Scott Brooks como entrenador principal. Moe dirigiría solo 56 partidos, con un récord negativo de 19-37. El popular exjugador y por mucho tiempo entrenador asistente, Fred Carter sucedió a Moe en el cargo a partir de marzo de 1993, pero no logró más que un pobre récord de 32-76. Para la temporada 1993-94, John Lucas fue contratado con el doble rol de entrenador y gerente general.
Katz, quién no era querido por los aficionados desde los traspasos de 1986, vendió la franquicia a un consorcio liderado por el dueño de los Philadelphia Flyers, Ed Snider y la corporación Comcast a finales de esa temporada, con Pat Croce, quien había sido preparador tanto de los Flyers como los Sixers, tomando el rol de presidente. Se necesitaban hacer cambios después de la temporada 1996-97. Davis y Greenberg fueron despedidos de sus cargos e incluso se crearon un nuevo logo y un nuevo diseño de la camiseta que parecía querer reflejar el cambio de rumbo completo que sufriría la franquicia para los próximos años. El peor momento fue en 1995-96, cuando terminaron 18-64, el segundo peor balance en la historia de la franquicia. Fue además el segundo peor en la liga ese año, superando solo a Vancouver Grizzlies e incluso superado por los debutantes Toronto Raptors. En las Semifinales de Conferencia, los Sixers se enfrentaron a los Toronto Raptors de Vince Carter, el considerado uno de los sucesores del legado de Michael Jordan. La llegada del prometedor pero polémico Allen Iverson inició una nueva era en el conjunto de la ciudad del amor fraternal.
Larry Brown fue elegido entrenador de la Conferencia Este en el All-Star Game y Allen Iverson nombrado MVP del All-Star. El equipo ganó la primera elección en el Draft de la NBA de 1996. En esa ocasión, los Sixers elegirían a Allen Iverson. A comienzos de esa temporada, traspasaron a Jerry Stackhouse, quien había sido elegido en el tercer puesto del Draft de 1995, a Detroit Pistons; a cambio, los Philadelphia 76ers recibieron a Aaron McKie y Theo Ratliff, jugadores de un gran despliegue defensivo que ayudarían al resurgimiento del equipo. Unos días antes del All Star Weekend, Theo Ratliff fue dado de baja por el resto de la temporada a causa de una lesión en la muñeca. Durante esa temporada, los 76ers comenzaron ganando sus primeros diez partidos y su récord llegaría a estar 41-14 a mediados de la temporada regular. Durante su participación en dicha división, el club también participaba del torneo de Talca, puesto que no les permitieron abandonar dicha competición. El equipo comenzó con su renacimiento durante esta temporada atípica, con un récord de 28-22 y el sexto puesto en la Conferencia Este, primera vez en la postemporada desde 1991. En primera ronda, los Philadelphia 76ers derrotaron a Orlando Magic, 3-1, para luego ser barridos por Indiana Pacers.