Durante los primeros años de la promotora, el club logró fichar a futbolistas como Alberto Coyote, Eduardo Fernández, Carlos Turrubiates, Alberto García, «El Guamerú», Missael Espinoza, Ramón Ramírez, inter de milan camisetas Daniel Guzmán «El Travieso» y Luis Flores. Una de sus primeras decisiones fue destituir a Daniel Guzmán del cargo de entrenador e instaurar a Eduardo de la Torre, «El Yayo», para afrontar el torneo Clausura 2003. Para la siguiente temporada eliminó la excesiva publicidad de los uniformes, y contrató a Hans Westerhof como entrenador, quien llevó al equipo al repechaje, donde fueron eliminados por Toluca. El equipo que terminó siendo líder general, la mejor ofensiva y el que menos goles recibió, estaba conformado por jugadores como Benjamín Galindo, Guillermo Mendizábal, Concepción Rodríguez, José Manuel de la Torre, Antonio Valdez, Eduardo de la Torre, Javier Ledesma, Omar Arellano, Demetrio Madero, Sergio Lugo y Fernando Quirarte. De Chetumal se quedaron en el club: Gerardo (Antonio) Herrera, los defensas: Carlos Santoyo, Víctor López, Manuel Manzo, David vivas y Manuel Martínez, los medios: Alberto Santos, Arturo Castro y el delantero Fredy Pérez. La creación de este escudo se atribuye a jugadores y directivos del club, como Everardo y su hermano José Espinosa, Ángel Bolumar y Antonio Villalvazo.
Durante los siguientes años, surgen nuevos elementos de las fuerzas básicas del club, principalmente del equipo Club Deportivo Tapatío, filial de la institución, jugadores como Fernando Quirarte, José Martínez, Rafael Contreras, José Luis Real y Ricardo Pérez reciben la oportunidad de participar con el primer equipo. Después del torneo Apertura 2011, el Guadalajara entró en una crisis deportiva, viendo pasar múltiples entrenadores, entre ellos; Fernando Quirarte, John van ‘t Schip, Benjamín Galindo, Juan Carlos Ortega, José Luis Real, Ricardo La Volpe y Carlos Bustos. Después de la fecha 8 del torneo Apertura 2015, el equipo se encontraba en la penúltima posición de la tabla de cocientes, por esto se decide cesar a José Manuel de la Torre y se anuncia la contratación de Matías Almeyda como director técnico. El equipo de Víctor Manuel Vucetich no fue tácticamente exquisito, pero con el estilo de garra y unidad que imprimió el Rey Midas, logró sacar puntos y fue así como en la última jornada derrotaría en la cancha del Akron a Monterrey 3-1 con goles de Ángel Zaldívar, Alexis Vega y Jesús Angulo, quedaría como séptimo lugar general con 26 puntos y dos semanas después en el repechaje en el mismo estadio derrotarían al Necaxa, el cual quedó décimo lugar general, con solitario gol de Angulo y así volvería a una Liguilla para enfrentar a su acérrimo rival el América en cuartos de final, el cual quedó tercero general.
Vivió el despegue del canterano Luis del Sol, uno de los jugadores más importantes en la historia del club, realizó importantes actuaciones como la compra del Estadio Heliópolis en el año 1961, aunque también tuvo que tomar algunas decisiones impopulares como el traspaso del Sol. Una de las medidas positivas sugeridas por Cruyff, y aceptada por Vergara, fue el cambio de pasto sintético por césped natural en el estadio sede del equipo, para evitar lesiones y propiciar un mejor desempeño de los futbolistas. En 2012, Jorge Vergara Madrigal decidió contratar como director del proyecto deportivo Chivas a Johan Cruyff, inter milan camiseta exmundialista y excapitán de la Selección Nacional de los Países Bajos. Las Chivas terminarían perdiendo el título ante el Puebla en penales. Tras el campeonato de Copa MX Clausura 2017, el título de Liga de Clausura 2017 y el título de Concacaf en 2018, Chivas había ingresado en una mala racha: no logró calificar a la Liguilla durante tres años, es decir, cinco torneos (Apertura 2017-Apertura 2019), messi inter miami camiseta incluyendo el suspendido Torneo de Clausura 2020 debido a la Pandemia de COVID-19.
El segundo semestre del 2017 fue desastroso: en el Apertura 2017, quedó ubicado en el lugar 13 de la tabla general. En el Mundial de Clubes, obtuvo un desastroso sexto lugar. Después de los malos resultados Diego Mercado fue destituido, en su lugar llegó Alberto Guerra, quien ya había defendido los colores rojiblancos como jugador. El futbolista argentino siguió completando meritorios partidos como defensa central, hasta el punto en que Guardiola afirmó: «A Mascherano no lo cambiaría jamás. En sus dos etapas, acumula 132 partidos con la camiseta rojiblanca. Este emblema se pudo apreciar en la camiseta conmemorativa a los 110 años del club. Un año después, Di Stéfano jugaría con la camiseta del Real Madrid ante la Selección de Barcelona. Primer gol de Mazzola al Madrid. A pesar de la eliminación, Luis estuvo a punto de darle la clasificación a su equipo en el partido de vuelta de la llave, anotando 2 goles de tiro libre que ayudarían a ganar al Liverpool por 3 a 1, pero que no le alcanzarían para seguir a la siguiente ronda por la regla del gol de visitante. A pesar de los malos resultados, el equipo logra llegar a la final de copa, la cual perdería ante Puebla en el Clausura 2015 .