Sin embargo, Santa Fe hizo valer su condición de local y ante 37.000 espectadores, fue el encargado de poner cifras claras en el tanteador por intermedio de uno de los jugadores más destacados durante la campaña, el delantero Jonathan Copete, quien a los 71 minutos de juego recibió de cabeza un balón de tiro libre ejecutado por el argentino Omar Sebastián Pérez, dio así la ventaja al cuadro cardenal en la serie global con el que, a la postre, fue el gol que acabó con una sequía de títulos de 36 años, 6 meses y 24 días en la Categoría Primera A para el cuadro capitalino. Ómar Pérez cobró un tiro libre (33′) y “la ubicó en la cabeza de Yerry Mina. Santa Fe finalizó la temporada invicto como local, al ganar 9 partidos y empatar 4; marcó 25 goles y recibió apenas 8. El título le permitió participar por séptima vez en su historia en la Copa Libertadores de América edición 2013, donde fue cabeza de grupo y luego clasificó a las semifinales.
Ya para los cuadrangulares semifinales, Santa Fe como cabeza de grupo, fue ubicado en el grupo ‘B’, enfrentando a Boyacá Chicó, La Equidad e Itagüí Ditaires. En el Torneo Finalización 2013 apenas logra clasificar a los cuadrangulares, terminando tercero en su grupo. En el Torneo Finalización 2012 no pudo defender su título, al no clasificar a los cuadrangulares, por culminar 10° con 23 puntos. El 24 de enero de 2015 se enfrentaron en el Estadio Atanasio Girardot de Medellín, Atlético Nacional, campeón del Apertura 2014 e Independiente Santa Fe, campeón del Finalización 2014. Los locales abrieron el marcador con gol de Jonathan Copete (12′), Wilson Morelo empató para Santa Fe (43′); en el minuto 58, Harold Cummings cometió mano en el área, tarjeta amarilla y tiro penal, que convirtió Luis Carlos Ruiz. Luego de la eliminación en la Sudamericana, Santa Fe centró toda su atención en el torneo local, y logró clasificarse en las últimas fechas a la fase final, tras imponerse en el clásico bogotano a Millonarios por 1-0 en la penúltima fecha, con gol del arquero Camilo Vargas al último minuto del partido, camisetas de fútbol baratas tras un tiro de esquina cobrado por Omar Pérez. Sin embargo esto no se vio reflejado a lo largo del torneo, lo que llevó a la renuncia del técnico Néstor Otero después de caer como visitante 2-0 frente a América de Cali en la fecha 7. Tomó el control del equipo para las últimas 11 fechas un viejo conocido de las divisiones inferiores, Arturo Boyacá.
B con 13 puntos en la tabla con una fecha de anticipación; ya en la última fecha el equipo capitalino visitó al Boyacá Chicó con jugadores suplentes, arrojando como resultado final un 2-2 que ya poco decidía en la clasificación general del grupo. El domingo 15 de julio en el Estadio Nemesio Camacho El Campín se disputó el partido definitivo de la Gran Final del Apertura 2012. Los dos equipos llegaron con posibilidades de ser campeón tras el empate de la ida. Ya clasificado anticipado a los cuadrangulares finales del torneo colombiano y de primer puesto con un total de 33 puntos obteniendo así el punto invisible y compartiendo grupo con Millonarios, Deportivo Cali y Once Caldas logró 3 victorias, 2 empates y una derrota, esto le daría el pase directo a la final que disputaría contra Atlético Nacional, en el partido de ida en Medellín Santa Fe logró un valioso empate 0-0 contra el club paisa, pero en la vuelta en Bogotá cayo sorpresivamente 0-2, repitiéndose la historia del Apertura 2005 solo que esta vez los verdolagas dieron la vuelta en El Campín. A pesar de los inconvenientes, el equipo viajó a Buenos Aires para disputar la ida de la final en el Estadio Tomas A. Ducó el 2 de diciembre de 2015. En un partido muy cerrado, Santa Fe consiguió un valioso empate 0-0 ante Huracán.
Omar Pérez, no se había podido recuperar completamente de una lesión de la rodilla; y el equipo había perdido la final de la Copa Colombia frente a Junior de Barranquilla. En la fase final del Todos contra todos, Santa Fe clasificaría en el segundo lugar, con 29 puntos; logrando a lo largo de su campaña 7 victorias, 8 empates y solamente 3 derrotas; lo cual ha sido catalogada como una de las mejores temporadas de los cardenales, y que lo conllevaría, gracias a la continuidad del proceso del año 2011, a ser catalogado como El mejor equipo de Colombia por la IFFHS. Competición en la que paralelamente queda eliminado luego de caer en su edición 2010, en la ronda de los octavos de final frente al Atlético Mineiro de Brasil por marcador global 1-2. En las rondas previas Santa Fe había superado en la copa a los equipos venezolanos del ACD Lara (4-2) y Caracas FC (2-1) respectivamente. El club no pudo mantener la secuencia de títulos estatales, quedando subcampeón en el Campeonato Gaúcho, en la Copa de Brasil fue eliminado en la quinta fase, Zago fue despedido y anunció el nombramiento del entrenador Guto Ferreira, quien tampoco pudo resistir un secuencia negativa, y, después de su partida, dio paso al entrenador asistente Odair Hellmann , y más tarde fue contratado como entrenador para la temporada 2018. El equipo Colorado fue subcampeón del Campeonato Brasileño – Serie B, que totalizó 71 puntos, en 20 victorias, 11 empates y solo 7 derrotas, asegurando el acceso a la élite del fútbol brasileño.