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Manuel Llorente pasó de gerente a consejero delegado. En 2012 el club decide no renovar a Unai Emery tras cuatro temporadas por un supuesto fin de ciclo, y Manuel Llorente contrata a Mauricio Pellegrino en su debut como entrenador, sin contar con la opinión de la dirección deportiva ni del consejo de administración. El nuevo presidente Manuel Llorente, puesto por las instituciones, tuvo como principal objetivo rebajar la deuda con la entidad bancaria. La oferta tuvo que ser modificada tras la negociación de Lim con Bankia sobre cómo pagar la deuda del club, que fue refinanciada en su totalidad y con diversas garantías de cobro. La intervención del gobierno valenciano como avalista hizo que se nombraran nuevos patronos en la Fundación para tener un mayor control sobre la refinanciación de la deuda. Esto obligaba a negociar una refinanciación de la deuda mientras el máximo accionista, la Fundación VCF, no podía devolver el préstamo, lo que provocó la intervención del avalista: el IVF de la Generalidad Valenciana, pagando con dinero público parte de los intereses del préstamo: 4,8 millones de euros. Tales terrenos serían finalmente vendidos por el club a la cadena francesa de supermercados Carrefour, con lo cual el club empezó a pagar su deuda y a construir el Nuevo Gasómetro, Carrefour compró así el terreno y San Lorenzo comenzó a pagar sus deudas y construir su estadio en el Bajo Flores.
El 31 de julio la Fundación VCF volvió a aprobar la oferta definitiva, y el 24 de octubre de 2014 se firmaron conjuntamente la refinanciación de las deudas y la compraventa de las acciones, terminando así el proceso de venta. Bankia decidió no refinanciar las deudas de la Fundación y del club al no aprobar el plan de refinanciación presentado por Amadeo Salvo y Aurelio Martínez, y además el aval de la Generalidad Valenciana había sido anulado cautelarmente por un juzgado, lo cual hizo que Bankia solicitara la búsqueda de inversores, haciendo pública la noticia mediante un comunicado mientras se producía la Junta General de Accionistas del Valencia el 10 de diciembre de 2013, algo que no sentó nada bien en el club. La oferta de Lim no la tuvo en cuenta Bankia y siguió con su proceso de venta, pero ante la falta de información y transparencia, el presidente Salvo comunicó en una asamblea informativa el 24 de enero de 2014 que el proceso de venta no debía llevarlo a cabo Bankia sino la Fundación VCF al ser el máximo accionista. Participó durante algunos años en la Liga Esperancina de Fútbol entre 1935 y 1946 y entre 1948 y 1961, para luego afiliarse a la Liga Santafesina de Fútbol, en donde compitió hasta el año 2022 para luego volver a jugar en la Liga Esperancina de Fútbol luego de una histórica votación en asamblea de socios del club.
El equipo parecía otro y completó una magnífica segunda vuelta del campeonato recuperando fútbol y dignidad, ascendiendo hasta un triste pero muy trabajado 9.º puesto, que al menos sirvió para que el equipo disputara en verano la Copa Intertoto que daba acceso a la UEFA. Uno de los motivos más importantes de la decisión fue la grave situación de inseguridad que se vive en la ciudad de Santa Fe, localidad a la que pertenecen la mayoría de los clubes afiliados a la Liga Santafesina de Fútbol. Pese a la calidad individual de la mayoría de jugadores y las ambiciones que se pretendían, con el equipo envuelto en una complicada situación económica, social y deportiva, no se alcanzó ningún triunfo más allá de clasificar cada año para disputar la Champions, hasta que en 2008 se conquistó inesperadamente la séptima Copa a pesar de una vergonzosa campaña liguera en la que se sufrió hasta las últimas jornadas por mantener la categoría. Con la fiebre del éxito aun reciente, el club realiza grandes alardes económicos como la presentación en 2006 del futuro nuevo estadio, e incorpora futbolistas a un elevado coste, como el fichaje más caro de la historia del club hasta aquel momento, Joaquín Sánchez por 25 millones de euros.