Con Zubeldía fueron varios los jóvenes que se destacaron y dieron su paso al profesionalismo, a estos de les llamó «El Kinder de Zubeldía» y había futbolistas como Hernán Darío Herrera, Pedro Sarmiento, Víctor Luna, Carlos Ricaurte, serigrafia camisetas valencia Gabriel Jaime Gómez y otros más. La primera nómina que tuvo Atlético Nacional todavía con el nombre de Atlético Municipal fue Carlos Pulgarín, Jairo Ramírez, Gabriel Osorio, Mario Sánchez, Eduardo «Cuty» Amaya, Gustavo Mesa, Carlos Vivares, León Ortiz, Darío Gómez, Emilio Guerra, Guillermo Echavarría y Uriel Ríos. Esto provocó que el presidente del club, Amadeo Salvo, viajara en persona a Singapur para tratar de convencer a Peter Lim de que todos estos requerimientos no tenían ninguna validez jurídica. Para la fundación de la División Mayor del Fútbol Colombiano y por ende del Fútbol Profesional Colombiano en Barranquilla asistió como representante Jorge Osorio Cadavid que se desempeñaba como presidente en el momento. El código, creado por Nathaniel Creswick y William Prest, adoptó reglas que se ven reflejadas en el fútbol actual, como el uso de un travesaño (poste horizontal) de material rígido, en lugar de la cinta que se usaba hasta el momento. En 2003, Juan José Peláez retornó a la dirección en la que estuvo por dos años y medio y dejó dos subtítulos de Colombia, luego de irse en diciembre de 2004, su asistente técnico, Santiago Escobar -hermano de Andrés Escobar- continuó con el proceso y obtuvo el campeonato en el Apertura 2005. Más tarde, en 2007, el colombo-argentino Oscar Héctor Quintabani obtuvo el bicampeonato, Quintabani estuvo en Nacional entre 2006 y 2008. En 2011, Santiago Escobar retornó para dirigir al equipo luego de cuatro años de malos resultados y logró ganar el Apertura 2011 con su asistente técnico Juan Jairo Galeano también exjugador de Nacional.
A este grupo se les unió Albeiro Usuriaga y con la obtención del Título continental se destacaron Andrés Escobar, John Jairo Tréllez, Alexis García y René Higuita. En Italia 1990 el club fue la base de la Selección Colombia y fueron seleccionados René Higuita, Andrés Escobar, Gildardo Gómez, Luis Fernando Herrera, León Villa, José Ricardo Pérez, Luis Carlos Perea, Leonel Álvarez y Luis Fajardo. En Francia 1998 fueron covocados Andrés Estrada, Miguel Calero y José Fernando Santa. A partir del inicio de la temporada de 1953, llegó el primer jugador extranjero al club, el argentino Atilio Miotti, esto fue gracias a que el técnico José Saule planteó la necesidad contratar extranjeros con el fin de lograr resultados positivos, además de atraer más público, aumentar las recaudaciones y se aliviar la situación económica de equipo. En la temporada 2013-2014 tras un año de altibajos terminó la liga en el 9 puesto sin opción a Copa del Rey. El título lo consiguió en diciembre y murió en enero del siguiente año a causa de un infarto, cuando se disponía a sellar un boleto de apuestas hípicas.
Desde su llegada tuvo a la hinchada en contra porque sus inusuales cambios en la formación del equipo principal, sin embargo de esta forma Osorio se logró coronar campeón a Nacional de la primera edición de la Superliga de Colombia en el 2012 enfrentando al Junior de Barranquilla, en ese mismo año (2012) se coronó por primera vez campeón de la Copa Colombia al vencer al Deportivo Pasto, camisetas de futbol 2024 título que repetiría en el año 2013 venciendo a Millonarios de Bogotá. La temporada 2000/01 consolidó la práctica totalidad de la plantilla del año anterior salvo por la marcha de Catanha al Celta de Vigo por un elevado montante económico. Fue el año del doblete, 1995/1996, una temporada histórica en la que el equipo resurgía tras unos años más cerca del descenso que de Europa. En el segundo semestre del año 2019 regresó el profesor Juan Carlos Osorio. Durante el ciclo de Dabrowski, vinieron jugadores como el brasileño Clóvis Bento, los argentinos Ariel Segalla, Martín Uranga y Nicolás Tagliani y el seleccionado guatemaltéco Dwight Pezzarossi, que solo jugaron un año cada uno en el club.
Durante proceso de continuos éxitos deportivos, los jugadores de Atlético Nacional llegaron a ser mayoría en las convocatorias de Selección Colombia. Durante el segundo semestre de 2017 asumió la dirección del equipo el español Juan Manuel Lillo quien tuvo poca simpatía con la hinchada y renunció luego de que Nacional quedase eliminado en el Torneo Finalización a manos del Deportes Tolima. En 2024 de la mano del director técnico español Diego Merino, el conjunto granate ganó el Torneo Apertura luego de vencer a Metropolitanos en la final. Martínez Calatrava, Vicente. Historia y estadística del fútbol español. Quinto mejor equipo en el ranking de la Federación Internacional de Historia y Estadística de Fútbol en 2014 siendo el mejor equipo colombiano y el mejor de Sudamérica. 2.º Atlético Nacional fue el segundo mejor equipo de Sudamérica en la última década. Durante gran parte de la década de los cincuenta el club funcionó con el liderazgo que ejercían algunos jugadores como Humberto Álvarez y Ricardo Ruíz, pues Nacional ante la crisis económica no tenía como pagar salarios y fue gracias a la idea de crear «natilleras» que el equipo se sostuvo en el profesionalismo. Son muchos los jugadores de Atlético Nacional que a lo largo de la historia han sido seleccionados para representar a Colombia en algún evento internacional.
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