En este mismo año, Cienciano disputó un partido amistoso con la selección de fútbol de Guatemala donde el Cienciano ganó cómodamente 3 a 0.En la Copa Sudamericana 2004 ocurre un hecho muy curioso, el 24 de agosto de 2004, cuando el árbitro Jorge Hoyos detuvo el cotejo entre Carabobo Fútbol Club y el Cienciano, camiseta bayern munich ya que los uniformes de ambos equipos se asemejaban. La Recopa Sudamericana 2004 se jugó a un solo partido en el Lockhart Stadium de Miami, Estados Unidos, entre el club argentino Boca Juniors -que venía de ser campeón del mundo- y el Cienciano peruano. El 27 de julio de 2005 obtuvo el título del Torneo Apertura ganando en la penúltima fecha al Unión Huaral por el marcador de 1-0 con gol anotado por Miguel Mostto, con 51 puntos en el Apertura obtuvo su segundo título en la primera división del fútbol profesional peruano. En 1967 se fundó un club denominado Unión Deportiva Collerense. Luego de varias discusiones, el club peruano alegó que no había llevado consigo otros atuendos y los granates, señalaron que no iban a cambiar de vestuario por ser locales.
En el año 2004 quedó en el segundo lugar en el Torneo Apertura, a solo cuatro puntos del campeón Alianza Lima; sin embargo, Cienciano fue el equipo que más puntos sumó en un año en la historia de la primera división del fútbol peruano. En este partido Carlos Tévez pondría el primero para Boca que era más en el primer tiempo para el segundo tiempo Cienciano se logra recuperar teniendo ocasiones de gol para empatar, pero no podía meter gol hasta que en la última jugada del partido Rodrigo Saraz lograría peinar el balón venciendo así a la valla de Roberto Abbondanzieri. Plantilla campeona de Cienciano: Óscar Ibáñez, Santiago Acasiete, Martín García, Carlos Maldonado, Carlos Lugo, César Ccahuantico, Abel Lobatón, Juan Carlos Bazalar, Germán Carty, Paolo Maldonado, Ramón Rodríguez, Maurinho Mendoza, Giuliano Portilla, Juan Carlos La Rosa, Alessandro Morán, Julio García, Miguel Llanos, Carlos Ibarra, Rodrigo Saraz, Carlos Lobatón, Elexander Araujo, Roberto Holsen, Carlos García, Néstor Candia, Jean Garrafa. Plantilla campeona de Cienciano: Óscar Ibáñez, Santiago Acasiete, Martín García, Manuel Arboleda, Edwar Torrealva, Orestes Santander, Miguel Mostto, Juan Carlos Bazalar, Germán Carty, Daniel Gamarra, Sergio Ibarra, Jesús Cisneros, Giuliano Portilla, Juan Carlos La Rosa, Alessandro Morán, Juan Péndola, Miguel Llanos, César Balbín, Rodrigo Saraz, Carlos Lobatón, Elexander Araujo, Corsino Gómez, Carlos García, Néstor Candia, Paolo de La Haza.
Sin embargo, en la segunda rueda del campeonato hubo una pelea interna entre el técnico Marcelo Trobbiani y Julio García, por lo que Trobbiani dejó el club y se nombró como nuevo entrenador a Carlos Daniel Jurado. Ese mismo año Cienciano con sus figuras que se mantenían quienes habían sido campeones tanto como la Sudamericana 2003 y la Recopa Sudamericana 2004 como Óscar Ibáñez, Alessandro Morán, Carlos Lugo, Juan Carlos Bazalar, Julio García, Miguel Mostto, Sergio Ibarra, César Ccahuantico, Ramón Rodríguez, Giuliano Portilla entre otros. Cabe destacar que los goleadores de ese campeonato fueron los 2 delanteros de Cienciano: Miguel Mostto (el máximo goleador con 18 goles) y Sergio Ibarra (17 goles); acumulando entre este dúo unos 35 goles. Su máximo goleador histórico es el francés Kylian Mbappé, con 256 tantos. Miguel Mostto fue nuevamente el goleador del Descentralizado 2006 con 22 goles. El goleador del certamen fue Germán Carty, delantero de Cienciano con 6 goles. El 10 de diciembre se jugaría la primera final contra un rival histórico como el River Plate de Argentina, se jugó el partido ida en Buenos Aires en el Estadio Monumental Antonio Vespucio Liberti, Cienciano demostró un gran nivel de juego logrando un empate por 3 a 3, con 2 goles de Portilla y uno de Carty ante 53.296 espectadores.
A pesar de quedarse con 9 jugadores Cienciano logró un agónico triunfo ante River Plate con gol de Carlos Lugo de tiro libre desatando la alegría peruana. La temporada 1947-48 se saldó con un noveno lugar en liga y la disputa de la final de la FA Cup, que perdieron contra el Manchester United de Matt Busby por 4:2. A pesar de esa decepción, Matthews recibió el primer Premio FWA al futbolista del año que otorga la Asociación de Escritores de Fútbol. En 2011 comenzó con una grata sorpresa para sus hinchas, siendo líder del torneo durante las primeras fechas a pesar de contar con un reducido presupuesto y con prácticamente los mismos jugadores del año anterior a excepción de la contratación de jóvenes valores caso de Juan Araujo y el ascenso al primer equipo de Diego Virrueta y Luis Romero. Según el resultado de cada partido se otorga, por primera vez en la Copa del Mundo, tres puntos al ganador, un punto a cada equipo en caso de empate, y ninguno al perdedor. Sin embargo, el aforo permitido para eventos deportivo según la Ley 30037 y reglamento FIFA de estadios debe ser solo cierto porcentaje de la capacidad máxima, teniendo permitido el estadio puneño solo 10 080 espectadores aproximadamente para ingresar.
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