El 3 de noviembre de 2010, Klinsmann y su empresa de desarrollo de marketing y negocios, Soccer Solutions, camisetas selecciones futbol fueron anunciados oficialmente como consultores del club. Hubo dimisión del presidente, cese de tres entrenadores y fichajes fallidos. Durante un partido como visitante contra Portsmouth en diciembre, la puerta principal de Santa Cruz fue forzada y su casa fue allanada por tres matones que tenían a su esposa, Giselle, irlanda camiseta futbol a punta de cuchillo a la garganta. Esta fue la primera vez que había marcado un gol en tres juegos consecutivos con el Bayern Múnich. Fue precisamente en el 50.º aniversario de la entidad, en 1998, cuando uno de los miembros fundadores de la Bundesliga descendió por primera vez a la categoría de plata del fútbol alemán. Después de sufrir una lesión, regresó a la acción el 17 de diciembre para anotar el primer gol del juego después de 15 minutos en una victoria 3-1 a Hertha Berlín, jugó 89 minutos del partido antes de ser sustituido.
Él apareció en los dos partidos siguientes, sin embargo, debido a una lesión hizo su cuarta y última aparición de la liga en la fecha 34 en una victoria de 3-1 contra el VfB Stuttgart el 21 de mayo de 2005, cuando fue sustituido en el campo de en el minuto 77. Él no participó en la UEFA 2004-05 Champions League, donde el Bayern Múnich fue eliminado por el Chelsea durante las etapas de cuartos de final. En la edición 2017-18 se enfrentaron en la instancia de octavos de final. Antes del comienzo de la temporada 2004-05, Santa Cruz jugó un total de 90 minutos en la victoria 3-2 de la final de la DFB-Ligapokal, Bayern Múnich ante el Werder Bremen el 2 de agosto. Antes del comienzo de la temporada 2008-09, Blackburn firmó al hermano menor de Roque, Julio, que había llegado de Cerro Porteño. El Napoli goza de la simpatía de algunos grupos de seguidores del Universitatea Craiova rumano, debido a la común identidad sureña y a la eliminación del rival Steaua de Bucarest en la Europa League 2010/11 por mano de los napolitanos. El 23 de octubre, marcó un doblete en la victoria por 3-1 ante el Feyenoord durante la etapa de grupos de la Champions con el Bayern terminando en la cima del Grupo H. Él estaría en el once inicial de los dos partidos siguientes, en los que el segundo partido lo vio reemplazado después de 42 minutos de la primera mitad del año debido a una lesión.
Habían ocho grupos con cuatro equipos en cada grupo (por regla de la UEFA, no podía haber dos equipos de un mismo país en un solo grupo). Noviembre inició con el triunfo por 3-1 ante Sevilla en el Etihad en la última jornada de la fase de grupos de la UCL, y le siguió el triunfo ante Fulham por 2-1 con un gol de penalti de Haaland a los 95 minutos de juego. Durante la segunda fase de la fase de grupos de la Champions, cabeceó un gol a los 81 minutos de un cruce de Bixente Lizarazu en una victoria por 1-0 ante el Boavista el 26 de febrero. Bayern Múnich ganó la DFB-Pokal en la victoria por 2-1 ante el Schalke 04 el 28 de mayo de 2005, el cual no participó en el partido en el que durante su ausencia había sido sustituido por el delantero Paolo Guerrero. El 20 de abril, hubo rumores de que estaba planeando dejar el equipo después de la temporada 2008-09, a menos de 12 meses después de haber firmado con el club, aunque negó estos rumores, diciendo que estaban «perdidos en la traducción». Volvió al primer equipo en la fecha 29 en una derrota 3-0 ante el Werder Bremen el 8 de abril, donde fue sustituido a los 80 minutos.
El Bayern Múnich ganó el 2005-06 DFB -Pokal cuando derrotaron a Eintracht Frankfurt por 1-0 en el Estadio Olímpico el 29 de abril, sin embargo Santa Cruz no participó en el partido. Santa Cruz comenzó en la victoria por 3-0 en casa del Bayern Múnich contra el Borussia Mönchengladbach en la jornada de puertas abiertas de la temporada 2005-06 el 5 de agosto. Ewald Lienen es un exfutbolista del Arminia Bielefeld recordado sobre todo por su lesión el 14 de agosto de 1981, a los 20 minutos del partido. Este sería el primer título del Manchester City a nivel europeo. Dos semanas más tarde, marcó un doblete en el empate 2-2 contra el Manchester City el 27 de diciembre. A continuación, se perdió los siguientes nueve juegos, donde en su vuelta marcó el primer gol del Bayern Múnich después de seis minutos del partido en el empate 1-1 ante el Borussia Dortmund el 7 de abril. En honor del mencionado Johan Cruijff, el club decidió retirar en 2007 el dorsal «14» y que en adelante ninguno de sus jugadores portase dicho dorsal en su conmemoración.